Erdäpfel gehören zu den Nachtschattengewächsen und enthalten natürlicherweise sogenannte Glykoalkaloide. Die wichtigsten davon sind α-Solanin und α-Chaconin. Diese Stoffe dienen der Pflanze unter anderem als natürlicher Schutz vor Schädlingen und Krankheitserregern.
Für den Verzehr werden die Knollen verwendet. Die oberirdischen Pflanzenteile und insbesondere die Früchte der Erdäpfelpflanze sind aufgrund ihres Glykoalkaloidgehalts nicht zum Essen geeignet.
Auch in den Knollen kommen Glykoalkaloide vor. Höhere Konzentrationen finden sich vor allem in der Schale und direkt darunter sowie in Keimen und Augen. Grüne Stellen können ebenfalls erhöhte Mengen enthalten. Die Grünfärbung selbst entsteht zwar durch Chlorophyll und ist nicht giftig, sie ist aber ein Hinweis darauf, dass gleichzeitig vermehrt Glykoalkaloide gebildet worden sein können.
Kleine grüne Stellen, Augen und Keimansätze daher großzügig entfernen. Stark ergrünte, stark keimende, beschädigte oder deutlich eingetrocknete Erdäpfel sollten nicht mehr gegessen werden.
Durch Schälen und verschiedene Zubereitungsverfahren kann der Gehalt an Glykoalkaloiden reduziert werden. Beim Kochen kann beispielsweise ein Teil ins Kochwasser übergehen. Das Kochwasser sollte deshalb nicht weiterverwendet werden. Erhitzen macht stark grüne oder stark keimende Erdäpfel jedoch nicht automatisch unbedenklich.
Frische, unbeschädigte Erdäpfel ohne grüne Stellen oder ausgeprägte Keime können grundsätzlich auch mit der Schale gegessen werden. Für kleine Kinder wird vorsichtshalber empfohlen, Erdäpfel zu schälen.